Premier jeu développé directement sur la génération de console actuelle, A Fragmentary Passage utilise le même moteur de jeu que Kingdom Hearts III (Unreal Engine 4). Le titre se veut être à la fois un épilogue à Birth By Sleep et un prologue à Kingdom Hearts III.
Première partie : Aqua parmi les ombres
Épisode précédent : Kingdom Hearts: Union X [Cross] / Sommaire
Suite aux événements de Birth By Sleep, Aqua erre à présent dans le Royaume des Ténèbres. Non seulement perd-elle toute notion du temps, mais elle apprend qu’il ne s’écoule pas de la même manière en ces lieux. De fait, elle est incapable de savoir depuis combien de temps elle vagabonde ici-bas.
Elle tombe sur différents mondes qu’elle a autrefois visités telle que le Palais des Rêves (Cendrillon) ou la Forêt des Nains (Blanche-Neige) et qui ont désormais été consumés par les Ténèbres. Le désespoir commence à la gagner de plus en plus ; elle se voit accablée par des visions de Terra et Ventus, jusqu’au moment où elle parvient à « prendre contact » avec le cœur de Terra.
Sa joie de revoir son ami est immense, mais alors qu’elle est sur le point de révéler l’endroit où est caché Ventus, le véritable Terra « apparaît » pour arrêter celui qui s’avère être en réalité Terra-Xehanort. Aqua comprend alors que Xehanort n’a pas été vaincu et qu’il est à la recherche de la Salle de l’Éveil. Après quoi, elle s’enfonce de plus en plus dans les Ténèbres, jusqu’à ce qu’elle soit trouvée par Mickey.
Tandis qu’elle s’étonne de voir son vieil ami ici, le roi lui dit qu’il est à la recherche de la Keyblade des Ténèbres appartenant à ce monde. Il explique que lui ainsi que ses amis tentent de stopper les Ténèbres (autrement dit les Sans-cœur) en scellant la Porte de la Lumière.
Aqua l’aide alors dans sa quête ; leur voyage les mène sur les Îles du Destin (consumées par les Ténèbres) où Mickey parvient à récupérer ladite keyblade. Le roi invite à Aqua à le rejoindre afin qu’elle puisse elle aussi revenir vers la Lumière. Mais Aqua s’y refuse, disant que quelqu’un doit rester derrière pour défendre Mickey et ses compagnons (alias Sora, Riku & cie) pendant qu’ils ferment la porte.
Alors qu’ils réussissent à sceller la porte menant à Kingdom Hearts — qui ne ressemble en rien au Kingdom Hearts qu’avait auparavant vu Aqua – la Maître de la keyblade se tient sur une des plages des Îles du Destin. De là, elle observe la restauration des mondes, avant qu’elle ne s’engouffre dans les Ténèbres une fois de plus.
Quelque temps plus tard, elle fait la rencontre d’un vieil homme vêtu d’une robe rouge (Ansem le Sage) qui lui dit aider un jeune à sauver les mondes. Aqua demande alors s’il s’agit de Terra ou Ventus. Mais à sa surprise, l’homme prononce un tout autre nom. Un nom qui donne à notre héroïne un sourire chaleureux et plein d’espoir : Sora.
Deuxième partie : épopées à venir
Peu de temps après le tumultueux test du Symbole de Maîtrise de Sora et Riku, Yen Sid explique qu’afin d’affronter Xehanort et sa nouvelle Organisation XIII, ils auront besoin de rassembler les 7 Lumières. Selon lui, 3 de ces Gardiens de la Lumière sont Terra, Ventus et Aqua, ayant disparu après le désastre engendré par Xehanort 10 ans auparavant.
Mickey raconte ainsi la fois où il a trouvé Aqua errant dans le Royaume des Ténèbres. Riku s’énerve alors contre le roi et Yen Sid, furieux que ces derniers n’aient pas fait ces révélations plus tôt. Toutefois, Yen Sid dit avoir ordonné à Mickey de ne rien dévoiler, pour éviter que Riku (mais aussi et surtout Sora) ait la folle idée d’effectuer une mission de sauvetage. Tout comme Aqua, il aurait été pris au piège dans le Royaume des Ténèbres.
Toutefois, les choses ont changé : à présent, Riku a obtenu son Symbole de Maîtrise, prouvant qu’il est un Maître de la keyblade accompli. Il s’avère donc prêt à accompagné Mickey dans les Ténèbres et porter secours à Aqua. Après avoir reçu de nouveaux vêtements de la part des Trois Bonnes Fées, Riku et Mickey s’en vont ainsi retrouver Aqua pour la ramener dans le Royaume de la Lumière.
Pendant ce temps, Yen Sid envoie Kairi s’entraîner à maîtriser la keyblade auprès de Merlin l’Enchanteur. La jeune fille doit alors s’exercer aux côtés de Lea — anciennement Axel — à qui elle décide de faire confiance, malgré ces actions passées.
Un peu plus tard, Donald et Dingo retrouvent Sora, qui revient à la tour de Yen Sid après une absence prolongée suite à son échec au test du Symbole de Maîtrise. Le mentor de Mickey lui confie la tâche d’apprendre la manière de « récupérer les cœurs perdus », et lui explique qu’en ayant frôlé de devenir l’hôte de Xehanort, il fut dépossédé d’une bonne partie de ses pouvoirs. Yen Sid rappelle alors à Sora qu’il a déjà rencontré un héros qui un jour a perdu l’entièreté de ses pouvoirs avant de les récupérer : Hercule.
Enthousiaste à l’idée de revoir un vieil ami, Sora, Donald et Dingo s’en vont ainsi en direction du Colisée de l’Olympe, première étape de leurs aventures à venir.
